Gérant d'un immeuble vétuste et delabré, le jeune Togo Myojin est ce appelle un "guide" : c'est un être humain qui est capable de voir les fantômes, entendre, de leur parler et même de les toucher. À ce titre, c'est lui qui de "négocier" avec eux. Ainsi, lorsque certains d'entre-eux sèment la pagaille les vivants en se manifestant trop ostensiblement, c'est lui qui s'occupe raisonner. Mais aussi, et surtout : lorsqu'un esprit malfaisant apparaît dans semer la terreur parmi les hommes, c'est lui qui, mettant sa connaissance delà et sa maîtrise de l'énergie spirituelle au service du bien commun, tâche de s'en débarrasserà

Himeno Okegawa est une jeune fille de la campagne. Agée de quinze vient d'arriver à Tokyo, où elle doit emménager seule afin d'y entrer Sans le savoir, elle est poursuivie par un esprit malfaisant qui veut voler Lorsque celui-ci se manifeste à elle, elle est sauvée par Togo Myojin
homme capable de voir les fantômes, et de les exorciser.
Par le plus grand des hasards, celui-ci se trouve aussi être le gérant dans lequel Himeno emménage ! Un immeuble habité par des locataires singuliers !

Ageha et ses amis sont attaqué pas des stars commanders et se retrouvent séparés. Hiryû et Oboro sont totalement impuissants face aux pouvoirs de téléportation de Shaina. Kabuto, lui, est mis hors de combat en voulant protéger Ageha des attaques explosives de Dorki. Alors que tout espoir semble irrémédiablement perdu, Ageha et ses compagnons sont les témoins d'une étonnante apparition...

Après la soudaine apparition de Nemisis Qet son appel à l'aide, Ageha et ses compagnons se mettent en route pour Mukurojima. Mais un groupe Mystérieux nommé "Neo Amakusa" est lui aussi à la recherche du maître de Nemisis Q ! Quel est le vrai visage du meneur de ce groupe, qui prétend pouvoir lire l'avenir ?

Ageja et Amamiya rencontrent enfin la maîtresse de Nemisis Q. Cette femme est à la recherche de la "Vérité"... Mais de qu'elle vérité s'agit-il ? Agaha essaie de retrouver Hiryû et Oboro grâce à l'aide de Nemisis Q... ...Mais que sont devenus ses deux amis ?

Kagetora, Ran et Haruhiko se rendent à l'orphelinat Harukaze dans l'espoir d'y trouver des informations sur Miroku Amagi. Mais ils tombent sur Junas, un futur star commander ! Kagetora et Junas commencent alors à s'affronter pour défendre leurs causes respectives, mais... Pendant ce temps, Miroku Amagi cherche à mener à bien une étape de son plan en lançant un défi à un homme extrêmement puissant !!

Grâce à Kôichi Iba, Ageha et ses amis en savent maintenant beaucoup plus sur le passé de Miroku Amagi et sur la chute de l'organisation Gregory. Iba leur a même révélé le moyen d'arrêter Miroku une bonne fois pour toutes. Pour y parvenir, ils doivent s'infiltrer dans l'ancien laboratoire de Gregory, à présent gardé par les soldats des forces d'autodéfense. Mais ils ignorent qu'un terrible danger les y attend ...

Ageha et ses amis doivent affronter les soldats d'élite du Fléau envoyés par le W.I.S.E. Les Racines deviennent alors le théâtre de plusieurs affrontements explosifs. L'assaut ennemi semble enfin repoussé, mais le star commander Junas fait soudain son apparition ! Ageha est désarmé face à l'incroyable pouvoir destructeur de son adversaire. Comment va-t-il se sortir de ce mauvais pas ?

De retour sur terre, Sakurako est mal en point. Ageha voudrait l'emmener à l'hôpital mais le professeur Matsuri, une étrange jeune femme, s'interpose et emmène Sakurako avec elle, pour la soigner. Elle conseille à Ageha de se préparer pour leur prochain voyage. Tant que leur carte aura du crédit d'appel, ils seront appelés sur Psyren. Le professeur Matsuri semble en savoir beaucoup. Elle prévient aussi les nouveaux visiteurs de Psyren qu'ils passeront une mauvaise nuit : leurs pouvoirs vont se réveiller...

A peine arrivés dans le mon de Psyren, Ageha et ses amis sont pourchassée par un énorme ver et par un homme muni d'une bien étrange arme !
En outre, Oboro et Kabuto sont, à leur tour, victimes de maux et de saignement de nez ...

Ageha et ses amis ont vaincu Inui et tentent de lui faire avouer ce qu'il sait sur le W.I.S.E... Mais un homme aux pouvoirs terrifiants apparaît soudain. Il se débarrasse d'Inui pour le réduire au silence et attaque Ageha et les autres. Plus tard, ces derniers s'aperçoivent que le contenu du DVD qu'ils ont ramené de futur est différent de ce qu'ils avaient vu précédemment !

Ageha s'apprête à révéler à Elmore son destin tragique et celui des enfants, mais Nemesis Q l'envoie dans un univers étrange. Quelle est la véritable identité de ce mystérieux personnage ?! De son côté, Kagetora essaie de mettre la main sur une bande de cambrioleurs ayant recours au psy, mais une mauvaise surprise l'attend...!!

Suite à leur deuxième aventure à Psyren, Ageha et ses compagnons ressentent plus que jamais leur impuissance. Nos amis essaient de profiter du temps dont ils disposent pour développer et maîtriser le pouvoir de l’éveil, mais pour Ageha, la situation est plus délicate. Il doit aussi s’entraîner à contrôler la sphère noire, matérialisation de son burst. De son côté, Oboro est appelé par Elmore Tenjuin...

En se rendant dans la maison de campagne de l'oncle de Kabuto, Ageha et ses amis découvrent des indices sur ce qui a pu causer la destruction du monde. Toutefois, ils se font repérer par Dorki, un des dirigeants du W.I.S.E. qui est accompagné de deux de ses sous-fifres. Face à la puissance phénoménale de Dorki, nos héros prennent la fuite et se retrouvent séparés. Mais Ageha se réveille...!!