Ageha et ses amis doivent affronter les soldats d'élite du Fléau envoyés par le W.I.S.E. Les Racines deviennent alors le théâtre de plusieurs affrontements explosifs. L'assaut ennemi semble enfin repoussé, mais le star commander Junas fait soudain son apparition ! Ageha est désarmé face à l'incroyable pouvoir destructeur de son adversaire. Comment va-t-il se sortir de ce mauvais pas ?

Shugo Chara se termine... Ikuto est parti à l'étranger, Utau et Amu se sentent seules à la suite de son départ. Kûkai console Utau. Ikuto reviendra-t-il auprès d'Amu ? Est-ce que tous nos héros seront enfin heureux?

Les gardiens ont engagé la bataille finale contre Easter en essayant de récupérer Ikuto, passé sous le contrôle de l'ennemi bien malgré lui. Ils se retrouvent alors aux prises avec un Chara X géant hurlant sa souffrance et sa détresse au monde entier. Au moment où ils parviennent à le purifier, l'embryon apparaît et le directeur Hoshina s'en empare avant de s'enfuir ! Les gardiens se lancent alors à sa poursuite...

De retour sur terre, Sakurako est mal en point. Ageha voudrait l'emmener à l'hôpital mais le professeur Matsuri, une étrange jeune femme, s'interpose et emmène Sakurako avec elle, pour la soigner. Elle conseille à Ageha de se préparer pour leur prochain voyage. Tant que leur carte aura du crédit d'appel, ils seront appelés sur Psyren. Le professeur Matsuri semble en savoir beaucoup. Elle prévient aussi les nouveaux visiteurs de Psyren qu'ils passeront une mauvaise nuit : leurs pouvoirs vont se réveiller...

A peine arrivés dans le mon de Psyren, Ageha et ses amis sont pourchassée par un énorme ver et par un homme muni d'une bien étrange arme !
En outre, Oboro et Kabuto sont, à leur tour, victimes de maux et de saignement de nez ...

Un nouveau Dieu fait son apparition ! Le combat final entre un père et son fils ! Et enfin, la confrontation ultime entre tous les protagonistes !!Yôma et Tenma se font face ! La véritable nature et les motivations de celui-ci nous sont enfin révélées ! la Guerre Sainte arrive à son dénouement opposant la couleur de la vérité à la puissance des poings !!

Kagaho dont le corps tout entier n'est qu'un brasier ardent ! Pandore, Tenma et Sasha, tous liés par un lien et une destinée emplis de tristesse ! Quelle sera cette "véritable couleur" qui va naître sur le champ de bataille ? Partita, la mère de Tenma, est rappelée sur le champ de bataille sous forme d'un spectre au comportement imprévisible.
Quels sont les réels desseins de l'infâme Yôma ?

Partita, la mère de Tenma, revêtu d'une armure noire, attaque son propre enfant !! Tenma, la tristesse au coeur, va alors éprouver un choc qui va le transformer à jamais !!
Pour atteindre son but, elle doit tuer son fils ! Que cache cette attaque désespérée ?!

Ageha et ses amis ont vaincu Inui et tentent de lui faire avouer ce qu'il sait sur le W.I.S.E... Mais un homme aux pouvoirs terrifiants apparaît soudain. Il se débarrasse d'Inui pour le réduire au silence et attaque Ageha et les autres. Plus tard, ces derniers s'aperçoivent que le contenu du DVD qu'ils ont ramené de futur est différent de ce qu'ils avaient vu précédemment !

Ageha s'apprête à révéler à Elmore son destin tragique et celui des enfants, mais Nemesis Q l'envoie dans un univers étrange. Quelle est la véritable identité de ce mystérieux personnage ?! De son côté, Kagetora essaie de mettre la main sur une bande de cambrioleurs ayant recours au psy, mais une mauvaise surprise l'attend...!!

Rima est mal dans sa peau. Elle ne songeait qu’à faire rire quand elle était petite, mais une tentative d’enlèvement raté a fait réagir ses parents en la cloîtrant chez elle et en la surveillant sans relâche. Elle a ainsi perdu le goût de rire et de faire rire. Mais, Kusu Kusu est là et veille... avec l’aide d’Amu...

Amu a fait avorter le projet black diamonds. Dia l'a désormais rejointe et Amu profite de ses vacances d'hiver avec ses quatre shugo chara. Mais un sentiment étrange naît au plus profond d'elle-même... Il faut choisir quelqu'un pour remplacer Kairi, le valet sortant, mais qui ? et pourquoi Ikuto se retrouve dans la chambre d'amu ?!

Mu Hinamori est une jeune fille plutôt cool. Mais, sous ses airs, se cache une jeune fille fragile, réservée et peu sûre d’elle-même, qui rêve d’être tout autre que ce qu’elle est aux yeux de tous. Dans son école, un groupe de 4 élèves, appelés les « Gardiens », assurent la protection de l’ensemble des élèves. On y trouve le Roi, la Reine, l’As et le Valet. Amu est pressentie pour intégrer le groupe des Gardiens après avoir découvert trois oeufs étranges dans sa chambre ! Chaque enfant a au fond du coeur le rêve d’être autre que ce qu’il est. Ce rêve se matérialise aux seuls yeux des Gardiens sous la forme d’un oeuf, « l’oeuf du coeur », qui lorsqu’il éclôt il libère un SHUGO CHARA, « la personnalité rêvée » en miniature, qui rend le rêve réalisable !!!!
Normalement chaque enfant ne peut avoir qu’un seul OEUF et un seul SHUGO CHARA mais Amu est TRÈS SPÉCIALE ! Et elle n’est pas la seule à posséder ces oeufs mystérieuxà.

Amu est intégrée au groupe des gardiens dans le rôle du Joker. Elle ne tarde pas à découvrir que son rôle sera de guetter les oeufs X et de les neutraliser, pour que leur propriétaire puisse retrouver leur rêve. Yuki et Maika, deux copines de classe d’Amu, sont les premières à en faire les frais !

Amu est dans un moment critique ! Ran, Miki et Sû ont été enlevées par le professeur Nikaidû, envoyé d'Easter pour trouver l'embryon. Elle doit sauver ses chara avant qu'ils ne soient utilisés par Easter...

Ikuto, caché dans le placard de la chambre d'Amu, a tout entendu de la déclaration que Tadase lui a faite. Ce dernier se sent extrêmement mal à l'aise lorsqu'il l'apprend... C'est alors qu'Ikuto disparaît, récupéré par Easter qui le manipule grâce à son violon devenu subitement violet...

Suite à leur deuxième aventure à Psyren, Ageha et ses compagnons ressentent plus que jamais leur impuissance. Nos amis essaient de profiter du temps dont ils disposent pour développer et maîtriser le pouvoir de l’éveil, mais pour Ageha, la situation est plus délicate. Il doit aussi s’entraîner à contrôler la sphère noire, matérialisation de son burst. De son côté, Oboro est appelé par Elmore Tenjuin...

En se rendant dans la maison de campagne de l'oncle de Kabuto, Ageha et ses amis découvrent des indices sur ce qui a pu causer la destruction du monde. Toutefois, ils se font repérer par Dorki, un des dirigeants du W.I.S.E. qui est accompagné de deux de ses sous-fifres. Face à la puissance phénoménale de Dorki, nos héros prennent la fuite et se retrouvent séparés. Mais Ageha se réveille...!!

L'embryon est tombé aux mains d'Easter ! Les gardiens délèguent Amu, Tadase et Ikuto pour le récupérer. Ils entrent donc dans la place forte d'Easter afin d'approcher le fameux Gozen et lui reprendre l'oeuf magique. Mais une énorme surprise les attend : Gozen n'est autre qu'un enfant... un enfant qui a été vidé de ses émotions par l'éducation rigide et élitiste du directeur Hoshina.