Ikuto est parti à l'étranger. De son côté, Amu est entraînée sur la route des étoiles, à la recherche de ses chara qui, Dia mise à part, ont toutes disparues. Avec l'aide de ses amis, elle apprend peu à peu pourquoi les chara se volatilisent lorsqu'un enfant grandit.

Amu a donné naissance à un 4e œuf ?! Alors qu'elle se demande quel genre de chara en sortira, une nouvelle année scolaire commence. Mais Nadeshiko, sa meilleure amie, part étudier à l'étranger et Kukai passe au collège...

Ageha et ses amis sont attaqué pas des stars commanders et se retrouvent séparés. Hiryû et Oboro sont totalement impuissants face aux pouvoirs de téléportation de Shaina. Kabuto, lui, est mis hors de combat en voulant protéger Ageha des attaques explosives de Dorki. Alors que tout espoir semble irrémédiablement perdu, Ageha et ses compagnons sont les témoins d'une étonnante apparition...

Après la soudaine apparition de Nemisis Qet son appel à l'aide, Ageha et ses compagnons se mettent en route pour Mukurojima. Mais un groupe Mystérieux nommé "Neo Amakusa" est lui aussi à la recherche du maître de Nemisis Q ! Quel est le vrai visage du meneur de ce groupe, qui prétend pouvoir lire l'avenir ?

Ageja et Amamiya rencontrent enfin la maîtresse de Nemisis Q. Cette femme est à la recherche de la "Vérité"... Mais de qu'elle vérité s'agit-il ? Agaha essaie de retrouver Hiryû et Oboro grâce à l'aide de Nemisis Q... ...Mais que sont devenus ses deux amis ?

Kagetora, Ran et Haruhiko se rendent à l'orphelinat Harukaze dans l'espoir d'y trouver des informations sur Miroku Amagi. Mais ils tombent sur Junas, un futur star commander ! Kagetora et Junas commencent alors à s'affronter pour défendre leurs causes respectives, mais... Pendant ce temps, Miroku Amagi cherche à mener à bien une étape de son plan en lançant un défi à un homme extrêmement puissant !!

Grâce à Kôichi Iba, Ageha et ses amis en savent maintenant beaucoup plus sur le passé de Miroku Amagi et sur la chute de l'organisation Gregory. Iba leur a même révélé le moyen d'arrêter Miroku une bonne fois pour toutes. Pour y parvenir, ils doivent s'infiltrer dans l'ancien laboratoire de Gregory, à présent gardé par les soldats des forces d'autodéfense. Mais ils ignorent qu'un terrible danger les y attend ...